На 2 стр. Метод.рекомендаций сказано, что родители обращаются с заявлением об исключении ребёнка из контингента . На следующей же странице, в разделе III, посвящённому порядку действий школы, в п.11 сказано, что организация ведёт учет движения контингента учащихся по семейной форме образования в разделе " Контингент", на полях " Семейное образование". На практике это так и происходит: ученик вносится в контингент, просто на полях напротив каждого ученика ставится пометка о его форме обучения.
Противоречие в Метод.рекомендациях это не небрежность, не недосмотр. С одной стороны, конечно, рекомендации должны составляться так, чтобы всем всё было понятно, но у Департамента задача как раз противоположная, так что здесь всё логично.
Смысл этого противоречия в том, что ребёнок выводится из контингента только для родителя, если он написал подобное заявление. А для школы и соответственно для Департамента ученик находится в контингенте.